2000年以来一直从事数字出版、数字版权保护、数字图书馆等方面的研究工作，多次作为核心骨干参与国家科技支撑计划、电子信息产业基金、国家发改委信息安全产品产业化专项等多项省部级以上的重点项目。作为核心骨干研制的方正阿帕比数字版权保护系统（方正Apabi DRM）获得2003信息产业部颁发的重大技术发明奖、2004年中国电子学会电子信息科学技术二等奖；2003年，研制的方正Apabi数字图书馆通过中央电化教育馆组织的专家鉴定。2008年10月31日，黄肖俊做为核心骨干研制的“基于数字版权保护的电子图书出版及应用系统”通过了教育部组织的专家鉴定，鉴定结论是整体技术水平达到国际先进、部分国际领先。Apabi系统国内已经有了广泛的应用，并已成功地推向了海外，取得了突出的社会效益和经济效益。该项目还获得了2009年度国家科技进步二特奖。以此项目为核心形成的阿帕比产品从2009年开始多次作为国礼由温家宝总理等国家领导人赠送给剑桥大学等海外著名机构。
著有《数字出版理论、技术和实践:数字出版与数字图书馆》。
2008年10月31日，作为核心骨干研制的“基于数字版权保护的电子图书出版及应用系统”，获得了2009年度国家科技进步二特奖。
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